Sumber daya manusia merupakan aspek utama dalam keberadaan suatu institusi. Penelitian ini dilaksanakan di Pelabuhan Perikanan Samudera Nizam Zahman Jakarta dan Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap - Jawa Tengah. Tujuan utama pada penelitian ini adalah untuk menjelaskan adanya hubungan antara faktor-faktor yang mempengaruhi motivasi kerja pegawai di kedua pelabuhan tersebut. Penelitian ini dilakukan untuk melihat adanya hubungan antara motivasi dengan faktor-faktor yang mempengaruhinya, kemudian menganalisanya baik secara sendiri-sendiri maupun secara bersama-sama. Hasil penelitian ini mengindikasikan bahwa secara bersama-sama faktor-faktor tersebut bepengaruh nyata terhadap motivasi kerja para pegawai di kedua pelabuhan tersebut. Namun secara sendiri-sendiri, kondisi kerja merupakan satu-satunya faktor yang mempengaruhi motivasi kerja di Pelabuhan Perikanan Samudera Nizam Zahman Jakarta, sementara di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap adalah faktor pendapatan.