Studi ini berfokus pada analisis faktor-faktor produksi yang mempengaruhi keberlanjutan budidaya ikan Lele (Clarias sp) dan Nila (Oreochromis niloticus) di Kecarnatan Kota Raja dan Kecamatan Alak Kota Kupang. Penelitian ini bertujuan untuk memberikan analisa mengenai faktor-faktor produksi yang mempengaruhi usaha dan juga status serta faktor pendorong keberlanjutan budidaya ikan lele dan nila. Metode penelitian yang digunakan adalah deskriptif dan analitis, yang melibatkan studi literatur, pengamatan, dan pengujian statistik untuk menganalisis hubungan antara faktor-faktor produksi ikan Lele (Clarias sp) dan Nila (Oreochromis niloticus). Studi ini juga menggunakan perangkat lunak Multiaspect Sustainability Analysis (MSA), untuk menganalisis dampak lingkungan dari produksi budidaya ikan air tawar dan status keberlanjutan. Penelitian ini menggunakan fungsi Cobb-Douglas untuk menganalisis efisiensi faktor-faktor produksi dan status keberlanjutan. Hasilnya akandigunakan untuk membuat rekomendasi untuk praktik berkelanjutan dan untuk menyelaraskan aspek keberlanjutan, ekologi, ekonomi, aspek sosial-budaya, lingkungan, dan infrastruktur. Studi ini analisis regresi linear untuk memeriksa pengaruh berbagai faktor pada produksi, berfokus pada validitas model regresi dan hasilnya. Hasilnya disajikan sebagai tabel dengan koefisien (R2) dan F-Statistik. Fungsi produksi untuk produksi budidaya ikan air tawar dapat dihitung dengan menggunakan rumus: Ln Y = Ln -4.774+ 0,118 LnXl + 0,675Ln X2 + 0,196 Ln X3 + 0,261 LnX4 + 0,030 LnX5. R Square adalah koefisien determinatif yang menunjukkan variasi signifikan dalam variabel tergantung yang dapat dijelaskan oleh model regresi. R Square adalah 0,849, yang menunjukkan bahwa 84,9% varian dalam variabel dependen yang dijelaskan oleh variabel jumlah produksi ikan lele dan ikan nila, sedangkan 15% merupakan varian basil eror atau varian lain yang dapat menjelaskan variabeldependen. Nilai keberlanjutan pada kondisi eksisting secara agregat sebesar 67,22 dengan kategori berkelanjutan dimana aspek tertinggi terdapat pada aspek sosial budaya dengan nilai status sebesar 88,89, sedangkan nilai status keberlanjutan aspek lainnya sebesar 11, 11.Hasil penelitian analisis keberlanjutan budidaya ikan air tawar di Kecamatan Kota Raja dan Alak dapat disimpulkan bahwa analisis faktor produksi mernberikan wawasan bermanfaat bagi stakeholder, pembuat kebijakan, dan peneliti.