Tujuan penelitian ini adalah untuk menguji dan menganalisis tata kelola keuangan dan pengendalian internal terhadap akuntabilitas kinerja instansi dengan good governance sebagai variabel mediasi pada Balai Riset Perikanan Perairan Umum dan Penyuluhan Perikanan (BRPPUPP). Penelitian ini menggunakan pendekatan kuantitatif, dimana tata kelola keuangan dan pengendalian internal sebagai variabel bebas, akuntabilitas kinerja sebagai variabel terikat dan good governance sebagai variabel mediasi. Populasi dari penelitian ini adalah 239 pegawai BRPPUPP. Data yang digunakan adalah data primer yang diperoleh dari responden dengan menyebarkan kuesioner dan data sekunder berdasarkan laporan di BRPPUPP. Pengolahan data menggunakan Structural Equation Modeling- Partial Least Square (SEM-PLS) versi 4.0. hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa tata kelola keuangan dan pengendalian intern berpengaruh positif dan signifikan terhadap akuntabilitas kinerja baik secara langsung maupun melalui good governance. Good governance terbukti berperan sebagai variabel mediasi sebagian yang memperkuat pengaruh tata kelola keuangan dan pengendalian intern terhadap akuntabilitas kinerja tanpa menghilangkan pengaruh langsungnya.