Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh implementasi Good Governance terhadap motivasi dan disiplin kerja serta kinerja pegawai pada pelabuhan Tengkayu I Kota Tarakan. Metode yang digunakan kuantitatif. Penelitian ini adalah penelitian sensus/populasi, seluruh pegawai berjumlah 67 orang menjadi responden. Alat analisis yang digunakan Analisi Jalur (path analysis) ditambahkan dengan analisis single factor. Kombinasi alat analisis ini digunakan untuk mengetahui hubungan structural dan model pengukuran. Hasil analisis menunj ukan bahwa, pengaruh implementasi Good Governance terhadap motivasi kerja dan disiplin kerja positif signifikan. Pengaruh motivasi kerja dan disiplin kerja terhadap kinerja pegawai positif signifikan. Sedangkan pengaruh implementasi Good Governance terhadap kinerja pegawai negative tidak signifikan. Secara tidak langsung pengaruh implementasi Good Governance terhadap kinerja pegawai melalui variabel motivasi dan disiplin kerja berpengaruh positif signifikan. Pengaruh Implementasi Good Governance terhadap variasi data pada variabel motivasi kerja sebesar 53% selebihnya 47% dipengaruhifactor lain diluar penelitian ini. Pengaruh implementasi Good Governance terhadap variasi data pada variabel disiplin kerja sebesar 45% sisanya 55% dipengaruhi variable lain diluar penelitian ini. Pengaruh Implementasi Good Governance, motivasi kerja dan disiplin kerja terhadap variasi data variable kerja pegawai sebesar 66%, selebihnya 34 % dipengaruhi oleh variable lain diluar penelitian ini.